Tokom obeležavanja godišnjice postojanja Srpske akademije nauka i umetnosti, njen predsednik Nikola Hajdin stavio je akcenat na naučni rad ove institucije naglašavajući njenu potrebu za povezivanjem sa evropskim i svetskim naučnim institucijama.
SANU se danas oglašava mnogo ređe nego tokom 90-ih godina. Međutim, iako pokušava da stvori sliku o sebi kao institituciji koja se bavi naučnim radom, njena potreba da stalno bude blizu vlasti postaje sve očiglednija. U periodu nakon demokratskih promena 2000. god., njeno prisustvo u javnosti bilo je gotovo neprimetno, ali poslednjih par godina najviši državni zvaničnici, uključujući tu premijera Vojislava Koštunicu i predsednika Borisa Tadića, postaju sve bliži ovoj instituciji.
Govor predsednika Tadića, tokom obeležavanja godišnjce SANU, upravo to i pokazuje:
"SANU je jedna od najznačajnijih institucija u ovoj naučnoj razvojnoj oblasti. Bez SANU i njenog doprinosa razvoju ove zemlje sam taj razvoj neće biti dovoljno brz i odgovarajući. Ubeđen sam da svaki građanin Srbije od ove institucije očekuje doprinos tom ubrzanom razvoju."
SANU je u novijoj srpskoj istoriji najpoznatija po Memorandumu, dokumentu koji je, prema mnogim analizama, prethodio raspadu SFRJ.
Memorandum je objavljen 1986, i tumačen je kao politička, nacionalna i srpska velikodržavna platforma Slobodana Miloševića za ratove koji su usledili početkom 90-ih godina.
Iako se o tom dokumentu u SANU nikada nije javno raspravljalo, njen predsednik Nikola Hajdin, kaže za RSE, da je Akademija sa tim delom svoje prošlosti već davno raščistila:
"Sa tim nasleđem smo mi još davno raščistili. Kao prvo, mi to uopšte nismo priznali, taj Memorandum za Akademiju kao zvaničan akt nikada nije postojao - to treba da bude jasno ne samo nama već i međunarodnoj zajednici. Prema tome, Memorandum ne postoji, postoji samo kao pisana literatura koju su zastupali neki članovi Akademije."
I pored toga što akademik Hajdin želi da predstavi SANU kao jedinstvenu instituciji, mnogi analitičari tvrde da u sadašnjoj Aklademiji postoje najmanje dve struje koje su međusobno nepomirljive i koje i dalje insistiraju na stavovima koje su zastupale i tokom 90-ih godina.
I upravo zbog toga istoričarka Olivera Milosavljević, kaže za RSE, da je danas veoma teško govoriti o SANU kao o jedinstvenoj instituciji:
"Prilikom izbora u SANU za novo rukovodstvo pojavile su se dve Akademije, dve potpuno odvojene institucije. Postoji masa akademika za koje niko u političkom životu nije čuo, ali isto tako uvek postoji i grupa od tridesetak akademika koji su uvek aktuelni, čija ideologija je i dan-danas dominantna kao vladajuća ideologija u ovom društvu. Dakle, uvek sam sklona da govorim o jednom delu Akademije za koju mislim da nije doživela nikakvu transformaciju. Tu mislim na te dominantne akademike iz odeljenja društvenih i istorijskih nauka koji se poslednjih 20 godina isključivo bave politikom ove zemlje i koji definišu ideologiju i puteve kojima će ići ova zemlja i koje nikakvi neuspesi te politike, a bilo ih je jako mnogo, nisu uverili da bi trebalo da prestanu da se bave politikom. Postoji takođe i jedan veliki deo Akademije koji nikada nije ni bio u politici i ta podela je vrlo očigledna ukoliko se to prati."
Ove podele, posebno se jasno očitavaju na pitanjima, koje jedan deo akademika, doživljava kao nacionalno važna, kao što je to slučaj sa Kosovom. Sa jedne strane, akademici okupljeni oko Nikola Hajdina podržavaju strategiju predsednika Borisa Tadića, a sa druge strane akademici okupljeni oko Dejana Medakovića, zameraju vlasti što se, kako kažu, pokorava Zapadu i prihvata da su Albanci trenutno većina na Kosovu.
Nekadašnji protivnik Miloševićevog režima i oštar kritičar Memoranduma, akademik Vojislav Stanovčić, kaže RSE, da se uprkos teškom nasleđu koje je SANU stekla tokom 90-ih godine, izvesni pozitivni pomaci uočavaju. On naglašava da su akademici koji su podržavali Miloševićeve ratne planove danas manje primetni i da se njihov uticaj sve više marginalizuje:
"Mislim da je Akademija sada na drugačijem putu, sa drugačijim perspektivama o svojoj ulozi u društvu nego što je to bilo pre, kada su mnogi još verovali da će jedna politika, koja je, mnogi su to znali, bila pogrešna od samog početka, doneti neke koristi. Pokazalo se da nas je upropaštavala, vodila nas u jedan bezdan iz kojeg je teško naći izlaz, ali, sada se ti izlazi vide."