Odnos dva najmoćnija čovjeka u tadašnjoj Srpskoj Republici BiH, predsjednika i vrhovnog komandata Radovana Karadžića i komandanta Glavnog štaba VRS Ratka Mladića, često je imao uspone i padove.
Njihovi saradnici su ih, prema haškim presudama, opisivali kao "svemoćne ljude", uz tvrdnje da ih je bilo "nemoguće kontrolisati".
Skupština RS-a u maju 1992, na sjednici na kojoj je formirala VRS i generala Ratka Mladića postavila za njenog komandanta, “opredijelila se za ratnu opciju”, naveo je penzionisani general Manojlo Milovanović. Od 1992. do 1994. godine Mladić i Karadžić bili su najbliži saradnici. Presretnuti razgovor nakon što je ispaljena granata na sarajevsku Tržnicu potvrđuje tijesnu saradnju:
Vaš browser nepodržava HTML5
Presretnuti razgovor nakon što je ispaljena granata na sarajevsku Tržnicu
Zajedno su posjećivali položaje, a Mladić je bio prisutan i prilikom donošenja važnih odluka. Pred jedan od mirovnih sastanaka u Ženevi, naprimjer, Mladić je sastavni dio tima koji sugeriše koje se teritorije mogu prihvatiti:
Vaš browser nepodržava HTML5
Pred mirovni sastanak
Upravo ova tijesna saradnja Mladića je zamalo koštala pozicije prvog čovjeka Glavnog štaba VRS. Zbog njegovog oštrog suprotstavljanja Vens-Ovenovom planu, a pod pritiskom Beograda, Karadžić sredinom rata donosi odluku o smjeni Mladića, koju potom povlači.
Mada su pojedini svjedoci ratnih dešavanja smatrali kako je Mladić ranije upozoravao Karadžića da bi politika rukovodstva RS mogla dovesti do genocida, da su dijelili istu namjeru pokazuju događaji u i oko Srebrenice 1995. godine.
Karadžić, kao vrhovni komandant, izdaje 1995. zloglasnu Direktivu 7, u kojoj nalaže da se “stvori nepodnošljiva situacija potpune nesigurnosti, bez nade u daljnji opstanak i život civilnog stanovništva”.
U martu 1995. godine, Mladić potpisuje drugi direktivu, po kojoj Drinski korpus treba preduzeti “aktivne vojne operacije…oko enklava”, čime se vojnim sredstvima kasnije provodi politički cilj Radovana Karadžića.
No, 1996. godine, nakon Mladićeve smjene, odnosi sa Karadžićem postaju zategnuti, a čak se pretpostavljalo da je Mladić bio taj koji je izdao Karadžića u zamjenu da mu se sudi u Srbiji.
Ratni saradnici završili su zajedno u haškom pritvoru po optužbama za genocid i najstrašnije ratne zločine.
