Lepenac se, kao i druge reke na Kosovu, suočava sa stalnim zagađenjem i degradacijom.
Plastične flaše, limenke i drugi otpad prekrili su deo te reke u Kačaniku.
Tu lokaciju meštani nazivaju "Izbušeni kamen".
Nagomilani otpad u reci Lepenac.
Na toku Lepenca izgrađeno je nekoliko hidroelektrana.
Lepenac je jedna od reka na Kosovu koje su najviše ugrožene zagađenjem.
U tu reku se odlažu i otpadne vode i smeće.
Izveštaj organizacije Dplus "Politika u praksi – izazovi zagađenja reka i upravljanja otpadom na Kosovu" iz 2023. godine utvrdio je da su nezakonita eksploatacija šljunka, otpadne vode koje u reke ispuštaju građani i preduzeća bez tretmana, brojni otpad u rečnim tokovima i inertni otpad duž njihovih obala, glavni faktori koji degradiraju glavna prirodna dobra Kosova.
Vađenje šljunka iz reka na Kosovu je zabranjeno od 2016. godine Administrativnim uputstvom.
Zakon o vodama na Kosovu predviđa da je licenciranim kompanijama zabranjeno da vade šljunak na manje od 150 metara od prirodnog rečnog korita.
Prema izveštaju "Politika u praksi – izazovi zagađenja reka i upravljanja otpadom na Kosovu", najveće zagađenje reke izaziva ispuštanje kanalizacije iz domova i preduzeća, "ostrva" plastičnih kesa i drugog otpada.
Poboljšanje situacije je, prema izveštaju, teško jer je budžet za sektor voda nedovoljan.