Ratni član predsjedništva BiH Miro Lazović kaže da je sporazum ambivalentan jer istovremeno poziva na integraciju Bosne i Hercegovine i potvrđuje podjelu države na dva entiteta:
„Dejtonski sporazum nudi kroz svoje odredbe nadu i onima koji žele integraciju Bosne i Hercegovine, ali također nudi nadu i onima koji smatraju da političkim sredstvima mogu ostvariti ratne ciljeve, a to je da se pojedini dijelovi teritorija BiH osamostale i da se na neki način secesionistička politika koja je bila intenzivirana tokom rata, može u miru ostvariti na način osamostaljenja Republike Srpske i eventualno nekog njenog priključenja Republici Srbiji.“
Opšti okvirni sporazum za mir sastoji se od 11 aneksa koji obuhvataju vojne, političke i civilne aspekte, kao i one o regionalnoj stabilizaciji. Njime je BiH uspostavljena kao suverena država sastavljena od dva entiteta - Federacije BiH i Republike Srpske.
Predsjednik Vlade RS Milorad Dodik tvrdi da je, suprotno duhu Dejtona, uspostavljena praksa kroz različite reforme kojima je nadležnost entiteta vraćena na državu Bosnu i Hercegovinu. On podsjeća da je zakone nametnuo visoki predstavnik, a Parlamentarna skupština BiH verifikovala:
„Ja moram da kažem da je strana potpisnica po Aneksu 10 Republika Srpska, a nije poslanička grupa u Parlamentu BiH. I ne može ona da mijenja Sporazum. Može samo da taj sporazum mijenja saglasno sa odlukama Skupštine RS. Prema tome, gotovo šezdeset nadležnosti je mimo Sporazuma urađeno. No, u svakom slučaju, imajući u vidu sve što se dešavalo, Republika Srpska stoji iza Dejtonskog sporazuma. Mi ne vidimo mogućnost ni da se novi ustav kreira bez toga da osnova bude Dejtonski sporazum. Mi ne mislimo da bilo šta u tom pogledu radimo, osim da vratimo stvar u okvire Sporazuma.“
Predsjednik Stranke demokratske akcije Sulejman Tihić smatra da se Dejtonski sporazum selektivno primjenjuje, u zavisnosti od toga šta kome odgovara:
„Zbog toga mi insistiramo da se Dejtonski sporazum u cijelosti provede jer se radi o jednom teško izbalansiranom sporazumu, gdje su strane napravile određene teške ustupke. Ukoliko se ne provede ono što je predviđeno u Dejtonskom sporazumu, to može ugroziti stabilnost države. Ne možemo mi kazati, napr. ja hoću Republiku Srpsku, a neću ravnopravnost naroda, ili, hoću Republiku Srpsku, a neću javne korporacije, hoću RS, a neću usklađivanje sa Evropskom konvencijom o ljudskim pravima i slobodama. Ili, može se to i obrnuto postaviti, kad je u pitanju Federacija, gdje također nisu ispunjene sve odredbe Dejtonskog sporazuma.“
S druge strane, predsjednik Srpska demokratske stranke Mladen Bosić kaže da Bošnjaci i Hrvati insistiraju na promjenama pa i napuštanju Dejtona zbog svojih političkih ciljeva:
„U slučaju bošnjačkih političara, to je unitarna BiH, bez entiteta, znači, bez Republike Srpske i bez Federacije, a u slučaju hrvatskih političara - to je jasno ovih dana – to je treći entitet, odnosno na neki način preformulacija Dejtona koji opet stvara tenziju i opet stvara podijeljena mišljenja. Ja sam poslije svega ovoga ubijeđen da je jedini mogući put ustvari prihvatanje Dejtonskog mirovnog sporazuma. Pokušaj svakog drugog rješenja ove krize ustvari vodi u još dublju krizu.“
Neka dejtonska rješenja pokazala su se neodrživa u praksi, tako da je sporazum potrebno dograđivati – tvrdi Muharem Murselović iz Stranke za BiH I napominje da se sporazum u BiH danas selektivno primjenjuje:
„Dejton je produbio podjele koje su se desile. Nije ustvari ispravljeno ništa od onog što se desilo u toku rata koji je trajao od 1992.-1995. godine.“
U Federaciji Bosne i Hercegovine dan potpisivanja Dejtonskog sporazuma nije praznik. U tom entitetu, četiri dana kasnije, obilježava se 25. novembar, Dan državnosti BiH. Na taj datum, prije 65 godina u Mrkonjić-Gradu održano je prvo zasjedanje ZAVNOBiH-a, kada su postavljeni temelji današnje Bosne i Hercegovine. Dan državnosti BiH ne obilježava se u Republici Srpskoj.