Bošnjaci se generalno povezuju sa islamom, bosanski Hrvati sa rimokatoličkom crkvom i bosanski Srbi sa Srpskom pravoslavnom crkvom. Nažalost, u BiH jos uvijek postoje velike razlike u javnom praktikovanju vjere određenih vjerskih zajednica, tako da u pojedinim sredinama većina ima negativan stav prema manjinama, kaže paroh sarajevski Vanja Jovanović:
„Mi još uvijek nismo u mogućnosti da nosimo svoje svešteničko odijanje kad je u pitanju grad, na primjer, ne mogu baš u mantiji da hodam kroz Sarajevo, a s druge strane, obično kad postoji neka služba, mora uvijek biti obezbijeđena policijom. Eto, to na neki način govori da stanje još uvijek nije baš dobro. Još uvijek postoje velike razlike i veliki jazovi, možda ne u praktikovanju u vjerskom životu, odnosno vjere, u okviru doma ili porodice, ali svaka vjera podrazumijeva i javno praktikovanje, kao što su službe koje se vrše napolju u okviru određene zajednice i mislim da to okolina kad je u pitanju većina u odnosu na manjinu nema pozitivan stav.“
Katolička zajednica u BiH i dalje smatra Biskupsku konferenciju glavnom organizacijskom i regionalnom strukturom. Biskupi se nalaze u Mostaru, Banjoj Luci i u Sarajevu; franjevački red je u najvećoj mjeri prisutan u srednjoj Bosni i u Hercegovini. Bosanski franjevac i profesor na franjevačkoj teologiji u Sarajevu, Mile Babić, kaže da je problem bh. društva što čovjek nije slobodan kao pojedinac, pa tako su mu uskraćene vjerske i sve druge slobode:
„Civilna sloboda je sloboda savjesti. Iz slobode savjesti nastaju razne religije, razni svjetonazori, znači, iz slobode savjesti može nastati i ateizam i teizam, i mislim da ta sloboda savjesti na neki način zbog raznih historijskih dosadašnjih naslaga i prepreka nije baš u BiH praktično toliko priznata i praktično važna. Znači, kod nas je vrlo važno u Bosni da se nadiđe taj kolektivizam. U nas su ljudi prvenstveno pripadnici religijskih grupa, pa političkih grupa, pa svojih narodnih grupa, ali nisu slobodni kao pojedinci. Čovjek kao pojedinac je nesvediv i on mora biti primaran. Ako je čovjek slobodan, ima slobodu savjesti, slobodu misli, slobodu govora, onda je to individualno mišljenje, slobodno mišljenje. Ako čovjek bude priznat kao pojedinac, onda mu to omogućuje da na svim područjima tu svoju slobodu ostvaruje.“
Sarajevski imam Feriz ef. Dautović vjeruje da sve vjerske zajednice u glavnom gradu BiH imaju potpunu slobodu, ali da postoje neriješena pitanja iz svakodnevnog života:
„Vjernici mogu slobodno, komotno, bez bilo kakvih pritisaka, osjećaja krivnje, osjećaja nekog praćenja da li se ide ili se ne ide u džamiju, u crkvu, mogu biti potpuno slobodni i komotni i mislim da su te slobode sasvim zadovoljavajuće. Ono o čemu mi, govoreći o nekim slobodama, mislimo da se treba još urediti, a to je posebno pitanje u Sarajevu, je pitanje vjenčanja. Dva puta se ljudi moraju otići vjenčati – u opštinu, pa se onda vjenčati u Islamskoj zajednici. Dakle, to pitanje bi trebalo riješiti na način kako je recimo riješeno u Hrvatskoj ili nekim drugim evropskim zemljama. Ako se neko vjenča u Islamskoj zajednici da to bude validno kao onaj koji to neće, odnosno koji hoće da se vjenča samo u opštini.“
Prvi izvještaj o vjerskim slobodama ove godine objavilo je i Međureligijsko vijeće u BiH. Primjećeno je da su u odnosu na prve poratne godine učinjeni određeni pomaci, ali da su i dalje prisutni prije svega napadi na vjerske službenike i objekte i neriješeni odnosi vjerskih zajednica i države, kaže Emir Kovačević, jedan od učesnika ovog istraživanja:
„Još uvijek su evidentirani slučajevi kršenja prava na slobodu vjere, prvenstveno u smislu napada na vjerske objekte, napada na vjerske službenike. Imamo neka područja u BiH gdje vjerski službenici imaju problema da hodaju u svojim vjerskim odorama. Česti su problemi kod dobivanja dozvola za izgradnju vjerskih objekata, gdje se nekim vjerskim zajednicama ili crkvama onemogućava da dobiju dozvole. Imamo slučajeva gdje je ograničeno pravo na vjeronauku, mada moramo reći da se po tom pitanju stanje dosta popravilo. Pored toga imamo još otvorenih pitanja koja su vezana za odnos vjerskih zajednica sa državom, a to su u prvom redu pitanja restitucije imovine koja je oduzeta još u vrijeme komunističkog režima, iako su postojala obećanja da će se taj zakon usvojiti još davno prije. Mi danas nemamo zakona, čak nema ni inicijative da se taj zakon u skorije vrijeme donese, a sa terena nam stalno dolaze informacije o zloupotrebama, korištenju i stavljanju u promet ove imovine koja usvtari ne bi smjela biti u pravnom prometu, jer čak postoji zakon o zabrani stavljanja u promet ove imovine.“
Treba dodati da Jevrejska zajednica ima oko 1.000 vjernika i ona je zadržala svoje istorijsko mjesto u društvu u BiH. Širom zemlje postoji nekoliko manjih kršćanskih denominacija. Jevrejska zajednica, kao i većina drugih manjih vjerskih zajednica u BiH, uključujući i protestante, ima najveći broj članova u Sarajevu. Istraživanja takođe pokazuju da postoji i određen broj osoba u BiH koje se identifkuju sa nekom od glavnih etno-religijskih zajednica, ali su ateisti ili agnostici koji vjeru ne praktikuju redovno.