Prvi je na ovakvu odluku, i to veoma oštro, reagovao Nenad Stevović, poverenik Crnogorske pravoslavne crkve u Srbiji:
"Ovo je najveći šamar Crnoj Gori upućen iz Srbije nakon 1920. godine kada je nasilno ukinuta Crnogorska pravoslavna crkva."
Savetnik u Ministarstvu vera Srbije Mirko Krlić za RSE kaže da to što Crnogorska pravoslavna crkva nije upisana u registar crkava i verskih zajednica ne znači i da je njeno delovanje na području Srbije zabranjeno:
"Razlog takvog odvijanja stvari je to što Crnogorska pravoslavna crkva kao takva nije priznata, niti postoji, u bilo kakvom okruženju ostalih pravoslavnih crkava, koje imaju svoje pravo i autonomne propise u koje se Vlada Srbije ne meša – ne meša se ni država ni Ministarstvo vera. Zakon je vrlo jasan, u članu 7. se kaže da država ne može da ometa primenu autonomnih propisa crkava i verskih zajednica. Po autonomnim propisima pravoslavne crkve imaju svoj poredak i po njima je CPC građanska organizacija i ona kao takva ne može biti upisana kao crkva. Može funkcionisati kao građanska organizacija, kao udruženje građana ili kao nevladina organizacija. Niko joj ne zabranjuje da funkcioniše kako god hoće ali ne može biti proizvedena u crkvu jer po autonomnim propisima crkava i verskih zajednica, koje su ujedinjene i imaju svoj poredak, posebno pravoslavne, ona nije crkva."
Sa druge strane, ovakva odluka mistra Radomira Naumova naišla je na oštru reakciju poverenika Crnogorske pravoslavne crkve u Srbiji, Nenada Stevovića, koji tvrdi da je ovakva odluka kršenje ustavnog prava o slobodi veroispovesti. On, za RSE kaže, da se ovakvom odlukom praktično brišu neka od osnovnih prava 70 000 etničkih Crnogoraca u Srbiji:
"Crnogorci u Srbiji su se obratili predsedniku i premijeru sa zahtevom da hitno ukinu protivustavnu odluku o zabrani CPC. Sigurni smo da oni nemaju drugog izbora i očekujemo da odluka bude poništena najkasnije do 20. januara. Crnogorci su odlukom ministra Naumova saterani u svojevrstan verski geto i ako do 20. januara ne bude poništena odluka ne samo da nameravamo da internacionalizujemo čitav slučaj već ćemo insistirati i na ostavci ministra vera. Crnogorci u Srbiji u celom ovom procesu očekuju punu podršku organa i predstavnika države Crne Gore. Takođe, o ovom pokušaju zabrane CPC biće obaveštene i relevantne međunarodne institucije, organizacije i vlade zemalja iz evroatlantskog regiona zbog toga što bi ostanak odluke Ministarstva vera bio vrlo zabrinjavajući indikator verske netolerancije i neraspoloženja dela administracije u Beogradu prema nacionalnim manjinama u ovako delikatnom trenutku za demokratiju u srbiji."
Za sociologa religije Mirka Ðorđevića ovakva odluka Ministarstva vera je sasvim očekivana. On naglašava da je odluka zakonita, ali u isto vreme i protivustavna:
"Ako vam se čini da je to paradoks – nije. U Zakonu o crkvama i verskim zajednicama stoji da ne može biti registrovana nijedna crkva ako sadrži naziv ili deo naziva već postojeće crkve na teritoriji Republike Srbije. Niko se nije pitao kako se onda dogodilo da imamo dve islamske zajednice i po kom zakonu je to. Dakle, iz toga se vidi da je u pitanju politička odluka. Ustav Republike Srbije svim građanima Srbije jemči neotuđivo ljudsko pravo da veruju kako veruju, da svoju veru javno manifestuju, da je iskazuju i da se organizuju. Ovim su prava građana Republike Srbije, crnogorske nacionalnosti, pogažena. U tome je celi problem i zbog toga je ovo čista politička odluka. Ovaj postupak može da donese veliku štetu i državi i crkvi u našoj zemlji."