Nakon što je prebačen iz Italije u Srbiju Šišić je nastavio sa izražavanjem kazne u zatvoru u Sremskoj Mitrovici. U trenutku obaranja civilne letilice, vojno delovanje bivše jugoslovenske vojske bilo je u Hrvatskoj sasvim obustavljeno, tako da je Šišić osuđen pred pravosudnim organima te zemlje na dvadeset godina zatvora. On je međutim mnogo godina kasnije uhapšen u Mađarskoj, i prebačen u Italiju gde je osuđen na doživotnu robiju. Kazna mu je ubrzo potom smanjena, tako da su odmah nakon Šišićevog povratka u zemlju njegovi branioci preduzeli korake za njegovo puštanje na slobodu, o čemu razgovaramo sa advokatom Miloradom Panjevićem:
„Mi smo u početku ustvari čekali da se donese zakon o amnestiji, međutim taj zakon nije donesen, a u međuvremenu je italijanski sud smanjio izrečenu kaznu od 15 godina zatvora na 12 godina zatvora. Tim smanjenjem kazne otvoren je put da se traži uslovni otpust, on je izdržao više od polovine izrečene kazne što je prvi zakonski preduslov za moguća odobravanja uslovnog otpusta. Pomilovanje od predsednika države nismo tražili iz razloga što bi to bila politička odluka, u situaciji kada imamo dovoljno pravnih sredstava, znači da se preko suda ostvare njegova prava nije bilo potrebe posezati za nekim političkim odlukama.“
Uporedo sa tim nastojanjima, u javnosti se sve češće govorilo da bi Srbija time prekršila dogovor koji je postigla sa pravosudnim organima Italije. Prema tom sporazumu, Srbija je navodno dala garancije da će Šišić do kraja odslužiti kaznu. Da li je postojao takav aranžman, pitamo bivšeg ministra pravde Zorana Stojkovića:
„Ne, bilo je traženo samo da se ne pravi čitava scena zbog porodica poginulih i garancija da će ići u redovan postupak kao svi ostali osuđeni, a ne da bude na primer odmah s aerodroma odmah poslat kući. Prema tome, na njega se primenjuju svi propisi ove zemlje koji važe za ostale jer jedna od tih mogućnosti je i mogućnost uslovnog otpusta koji daje sud. Njega je moglo to kačiti, mogla je da ga kači amnestija i niz drugih stvari.“
Sam Emir Šišić, očekuje da će uskoro naći na slobodi, o čemu svedoči njegova supruga Vesna koja ga redovno posećuje u zatvoru:
„Da, naravno da očekuje, sad je kao na iglama. Prvo je bio presretan što je došao, sad je tu a još nije da je skroz izašao, ali biće, nadamo se; ja se lično nadam najdalje do kraja godine.“
No čitav slučaj već uveliko dobija i neke političke konotacije, s obzirom da se major Šišić i dalje u nekim krugovima doživljava kao heroj i patriota. Da li postoji opasnost da se u ovaj slučaj upletu i politički interesi koji bi doveli u pitanje poštovanje zakona. Izvršni direktor Komiteta pravnika Milan Antonijević:
„Na žalost, to jeste slučaj. Postoji velika verovatnoća da zbog velikog interesovanja javnosti političke stranke i pojedini političari žele da kontrolišu ove procese i da uticanjem na ishod ovih procesa donesu sebi neke poene. Treba voditi računa o pravičnosti koju bi sudovi trebalo da poseduju i da u jednom veoma kratkom roku oni reaguju na sve pojave. Postoje indicije u velikom broju slučajeva u kojima su želje političara veoma brzo pretočene u presude.“
„Mi smo u početku ustvari čekali da se donese zakon o amnestiji, međutim taj zakon nije donesen, a u međuvremenu je italijanski sud smanjio izrečenu kaznu od 15 godina zatvora na 12 godina zatvora. Tim smanjenjem kazne otvoren je put da se traži uslovni otpust, on je izdržao više od polovine izrečene kazne što je prvi zakonski preduslov za moguća odobravanja uslovnog otpusta. Pomilovanje od predsednika države nismo tražili iz razloga što bi to bila politička odluka, u situaciji kada imamo dovoljno pravnih sredstava, znači da se preko suda ostvare njegova prava nije bilo potrebe posezati za nekim političkim odlukama.“
Uporedo sa tim nastojanjima, u javnosti se sve češće govorilo da bi Srbija time prekršila dogovor koji je postigla sa pravosudnim organima Italije. Prema tom sporazumu, Srbija je navodno dala garancije da će Šišić do kraja odslužiti kaznu. Da li je postojao takav aranžman, pitamo bivšeg ministra pravde Zorana Stojkovića:
„Ne, bilo je traženo samo da se ne pravi čitava scena zbog porodica poginulih i garancija da će ići u redovan postupak kao svi ostali osuđeni, a ne da bude na primer odmah s aerodroma odmah poslat kući. Prema tome, na njega se primenjuju svi propisi ove zemlje koji važe za ostale jer jedna od tih mogućnosti je i mogućnost uslovnog otpusta koji daje sud. Njega je moglo to kačiti, mogla je da ga kači amnestija i niz drugih stvari.“
Sam Emir Šišić, očekuje da će uskoro naći na slobodi, o čemu svedoči njegova supruga Vesna koja ga redovno posećuje u zatvoru:
„Da, naravno da očekuje, sad je kao na iglama. Prvo je bio presretan što je došao, sad je tu a još nije da je skroz izašao, ali biće, nadamo se; ja se lično nadam najdalje do kraja godine.“
No čitav slučaj već uveliko dobija i neke političke konotacije, s obzirom da se major Šišić i dalje u nekim krugovima doživljava kao heroj i patriota. Da li postoji opasnost da se u ovaj slučaj upletu i politički interesi koji bi doveli u pitanje poštovanje zakona. Izvršni direktor Komiteta pravnika Milan Antonijević:
„Na žalost, to jeste slučaj. Postoji velika verovatnoća da zbog velikog interesovanja javnosti političke stranke i pojedini političari žele da kontrolišu ove procese i da uticanjem na ishod ovih procesa donesu sebi neke poene. Treba voditi računa o pravičnosti koju bi sudovi trebalo da poseduju i da u jednom veoma kratkom roku oni reaguju na sve pojave. Postoje indicije u velikom broju slučajeva u kojima su želje političara veoma brzo pretočene u presude.“
