Prema zapisima sa saslušanja koje je objavilo američko ministarstvo obrane (Pentagon), Sheikh Mohammad je izjavio pred sudom da je planirao, organizirao i financirao te napade, ali i tridesetak drugih operacija protiv Zapada u posljednjih desetak godina. Khalid je uhapšen u Pakistanu 2003. godine i za njegovo pritvaranje i zatvorsko ispitivanje vezani su počeci kontroverzinih američkih operacija u takozvanome ratu protiv terorizma. Khalid Sjeikh Mohammed ili KSM, držan je u tajnim američkim zatvorima i prevožen tajnim letovima, a tokom ispitivanja podvrgnut je simulaciji utapanja, takozvanom waterboardingu, tokom kojega se pritvorenik zaljeva vodom i ima dojam da će se udaviti. Ovu praksu mnogi pobornici zaštite ljudskih prava smatraju mučenjem, a administracija predsjednika Busha davala je kontroverzne izjave o toj metodi ispitivanja, kao i o tome da li je još primjenjuje.
Na samom početku procesa koji se vodi pred zatvorenim vojnim tribunalom u američkoj vojnoj bazi Guantanamo na Kubi, KSM je rekao da će ga "usrećiti" smrtna kazna ukoliko na nju bude osuđen, jer će tako postati mučenik. KSM i četvorica suoptuženika, navodnih pripadnika al-Qa'ide, sjeli su na optuženičku klupu pred suca, marinskog pukovnika Ralpha Kohlmana, obučeni u krem odore s turbanima na glavi, izvijestili su američki novinari koji suđenje prate posredstvom zatvorenog video-sistema u press-sobi pokraj sudnice. Nitko od optuženika nije ustao kada je Kohlman ušao u sudnicu a tokom saslušanja međusobno su razgovarali, a da ih sudac nije opomenuo. Sudac Kohlman je na početku ročišta, na kojem su se optuženi upoznali s optužnicom i izjasnili o krivnji, najavio da će izjave optuženih biti nedostupne javnosti a njihov audio prijenos isključen.
Tužitelji su zatražili smrtne kazne za Khalida Sheikha Mohammeda i ostalu četvoricu optuženih, koje se tereti za ubojstva 2.973 žrtve napada na New York i Washington 11. 9. 2001, s po jednom točkom optužbe za svakog ubijenog, za urotu, napad na civile i terorizam. Ostali optuženi su Ramzi Binalshibh iz Jemena, navodni koordinator napada 11. rujna, Mustafa Ahmad al-Hawasawi iz Saudijske Arabije, navodno odgovoran za financiranje napada, Ali Abd al-Aziz Ali, nećak i glavni pomagač Sheikha Mohammeda, te Walid Bin Attash također iz Jemena, koji je prema Pentagonu, priznao organiziranje napada na američki razarač USS Cole u Jemenu 2000. godine i pripremu skupine od 19 terorista koji su s četiri oteta putnička zrakoplova izvršili napad na SAD 11. 9. 2001.
Prema izvještajima američkih medija, Mohammed je na prvom izvođenju pred sud rekao kako ne želi da ga brani vojni branitelj koji mu je dodijeljen, kao ni privatni odvjetnik i da se želi sam zastupati pred sudom. Nazivajući postupak protiv njega "inkvizicijskim", Mohammed je rekao da ne priznaje američki sud već samo šerijatski zakon i da će priznati krivnju jer želi smrtnu kaznu kako bi postao mučenik. I ostala četvorica optuženih izjavila su da ne priznaju američki vojni sud već samo šerijatski zakon.
Američki mediji ocjenjuju da je prvo izvođenje pred sud petorice optuženih za terorističke napade na tornjeve blizance WTC u New Yorku i zgradu Pentagona u Washingtonu, veliki ispit za kontroverzni sistem vojnih komisija, o kojem će kasnije ovoga mjeseca raspravljati Vrhovni sud SAD-a. Godine 2006., taj je sud prethodni sistem ad hoc američkih vojnih sudova proglasio neustavnim. Khalid Sheikh Mohammed, za kojeg se vjeruje da je bio treći u hijerarhiji Al-Qaide i kojeg SAD opisuju kao "jednog od najzloglasnijih svjetskih terorista” u pisanom priznanju, koje je pročitano na saslušanju 2007. priznao je da je "od A do Ž" odgovoran za napade na New York i Washington, te da je sudjelovao u više od 30 terorističkih urota širom svijeta.
