Bošnjački klub delegata, osim onih iz Silajdžićeve Stranke za BiH, u prihvatanju Ugovora sa Srpskom pravoslavnom crkvom, međutim, nisu vidjeli ništa štetno niti destruktivno za Federaciju BiH.
Isti sporazum BiH ratifikovala je i sa Vatikanom i nije dobra poruka građanima da se pojavljuju problemi kada je u pitanju Srpska pravoslavna crkva, ocijenio je član državnog predsjedništva Nebojša Radmanović:
„Ne vidim nikakvu destruktivnost sporazuma sa Srpskom pravoslavnom crkvom, dakle između BiH i Srpske pravoslavne crkve prema Federaciji BiH. Trudili smo se svi i rekli da ćemo potpisati iste ili slične sporazume sa svim vjerskim zajednicama, ili bar sa četiri glavne u BiH i, evo, kod drugog sporazuma došli smo do krupne prepreke. Mislim da nije dobro da pripadnici jednog naroda osporavaju pripadnicima drugog naroda i njihovoj vjeri da imaju sporazum ovdje.“
Glavna zamjerka prihvatanju ovog sporazuma, po tumačenju Silajdžićevog kabineta, je tretiranje Srpske pravoslavne crkve kao suverene države, za razliku od Vatikana koji to i jeste. Pravni savjetnik predsjedavajućeg Predsjedništva BiH Damir Arnaut kaže:
„I za očekivati je da Srpska pravoslavna crkva na osnovu ovog ugovora tvrdi da ima međunarodno - pravni subjektivitet i sve privilegije koje iz tog subjektiviteta proizlaze, poput imuniteta i drugih povlastica koje su, inače, rezervisane isključivo za međunarodno priznate države i međunarodne organizacije. Ovo nije pitanje simboličke prorode, već za sobom povlači niz pravnih i političkih konsekvenci.“
Ugovor između Srpske pravoslavne crkve i države BiH ne predviđa ništa što već ne postoji i o čemu se već nije razgovaralo, pojašnjava paroh sarajevski Vanja Jovanović:
„Sam ugovor kao ugovor uopšte nije u jednom pravcu, nego je u pitanju dogovor i sa državom i sa svim instancama vlasti što je od svega toga moguće. Mislim da tu nema ništa sada posebno što bi bilo ekskluzivno pravo nečega ili nekoga. Samim tim, bilo kakav ugovor takve vrste obezbjeđuje ne samo toj crkvi i vjerskoj zajednici nego i svim ostalim, jer uspostavljate jednu mjeru odnosa kad su u pitanju prvenstveno prava i slobode crkava i zajednica u BiH.“
Već godinama postoji niz otvorenih pitanja između Srpske pravoslavne crkve i države BiH koji će se morati riješiti prije ili kasnije, a kroz ovaj sporazum to je sada stavljeno i na papir, kaže Jovanović:
„Prvenstveno vraćanje imovine. Ostalo je u pitanju školstvo, mogućnosti, znači sve ono što se nalazi u svim deklaracijama o ljudskim pravima, o slobodi vjere, o mogućnosti da normalno funkcionišete u jednoj državi, da se ne miješate u poslove države, niti da se država, naravno, miješa u vaš posao - znači sve ono što već postoji, samo što je sada to rečeno i stavljeno na papir.“
Ugovori koje BiH potpisuje sa Srpskom pravoslavnom crkvom, Vatikanom, a dužna je i sa ostalim vjerskim zajednicama, pretpostavljaju prije svega uspostavljanje normalnih, zdravih odnosa. Postoje pravni oblici kojih se treba držati, pa ako postoji ugovor sa Vatikanom, mora postojati i sa ostalima, što riješava i niz praktičnih problema, ističe bosanski franjevac i teolog Marko Oršolić:
„Važno je da budu ista mjerila. Jer kako smo se mi sada kao Jugoslavija pocijepali na ove sitne državice, imate nerješivih problema - da jednog sveštenika pravoslavnog premjesti najednom, recimo, tamo u Niš. Ili franjevca jednoga - tu imamo praktični primjer, mi bosanski franjevci imamo župu i u Nišu, imamo samostan i u Beogradu. Sad treba tamo da je on kao strani državljanin i da se muči sada hoće li mu neko dati dozvolu da kao radi ako radi svoj posao. Dakle, imate neke stvari koje su nelogične, nenormalne i stvaraju dodatna opterećenja. Ovi ljudi susreću se isto tako sa našim problemima, a ustvari da bi vršili svoju misiju koja se ne može reducirati na samo jednu državu, ili da tako kažem - državicu.“
BiH ima obavezu da slične ugovore potpiše sa svim vjerskim zajednicama, pa i onim najmanjim koje postoje na njenoj teritoriji i to je državni posao koji ne treba da zavisi od pojedinca, naglašava Oršolić:
„Kod nas je uvijek nekako kao do nešto ovisi o dobroj volji vlastodršca i pojedine dnevne politike, a to nema veze. Država je jedna ustrojena stvar, zakonita, koja počiva na ustavu i na zakonima iz toga izvedenih.“
