To je, prema njegovoj ocjeni, inicirala, nadzirala, a većim dijelom i danas provodi, hrvatska tajna služba SOA, optužujući ga da svojim pisanjem ugrožava hrvatske nacionalne interese. Peratović smatra da je riječ o osobnim interesima pojedinaca u sigurnosno obavještajnim službama, nikako nacionalnim, zbog čega je od odgovarajućih saborskih tijela ponovo zatražio parlamentarnu istragu i zaštitu temeljnih ljudskih i profesionalnih prava.
Zbog navodnog odavanja državne tajne, Željko Peratović je u listopadu prošle godine bio i uhićen, izvršena je pretraga njegova stana, otuđeni brojni dokumenti koji mu ni do danas nisu vraćeni. Proveo je tad u policiji 24 sata, a onda je pušten da se brani sa slobode.
Prošlog je tjedna na više Internet adresa objavljen tekst s pripadajućim dokumentima Sigurnosno obavještajne agencije u kojima Peratović nalazi potvrdu svojih sumnji o ulozi SOA-e u kršenju njegovih ljudskih i profesionalnih prava:
„U dokumentu jasno piše da je SOA intervenirala na mom blogu kako bi umanjila političku štetu od mog pisanja. Zapravo su ti komentari bili usmjereni protiv mene da me se diskreditira i čak da me se optuži da sam pridonio smrti Milana Levara, te da svojim pisanjem navodno ugrožavam nacionalne interese Hrvatske i približavanje NATO-u i Europskoj uniji. Taj dokument je datiran mjesec dana prije moga uhićenja i uklapa se u cijelu priču.“
Hrvatsko je novinarsko društvo ponovo reagiralo i podržalo Peratovića u njegovim zahtjevima. Predsjednik HND-a, Zdenko Duka:
„Vijeće traži da vidi da li je to autentičan dokument. Dajemo podršku njegovom zahtjevu da se provjeri da li su tu prekršena njegova ljudska i profesionalna prava.“
Peratović je o svom slučaju izvjestio sve nadležne institucije - od predsjendika države, do nevladinih udruga. Predstavnica nevladinih udruga u Vijeću za građanski nadzor sigurnosno obavještajnih agencija, Sanja Sarnavka:
„Zaprimljena je njegova predstavka koju treba iščitati i pregledati. Vijeće će vrlo ozbiljno po njoj postupati.“
Vijeće je na Peratovićev zahtjev već jednom provelo sličnu istragu, a onda i saborski Odbor za unutarnju politiku i nacionalnu sigurnost. Bilo je to 2005. godine, kada su oba tijela ustvrdila kako postoji osnovana sumnja da su Peratoviću od strane tajne policije prekršena ljudska i profesionalna prava:
„Godinama se bavim tajnim službama jer sam i kao ratni reporter vidio da se na ratištima neke stvari ne događaju slučajno, da se odvijaju neke igre iza kojih stoje neke tajne službe. Počeo sam to malo dublje istraživati i tako sam se zamjerio mnogim ljudima iz tajnih službi. Jedan sam od rijetkih koji je ovih godina pisao o korupciji i zapošljavanju preko veze. Ukazujem i na to da je SOA involvirana u obstrukcije nekih istraga i ubojstava, ali i u samo ubojstvo Milana Levara, što mi i potvrđuje njihovo pisanje gdje me optužuju da sam ja involviran u Levarovo ubojstvo. To je stravično.“
Mirovna aktvistica Vesna Teršelić ističe da je Hrvatska samim osnivanjem Vijeća za građanski nadzor sigurnosno-obavještajnih agencija učinila bitan korak u civilnom nadzoru tih službi:
„Mislim da u Hrvatskoj imamo jednu dopunsku mogućnost koju mnoge druge zemlje nemaju. Ona nije dovoljno dobra, ali je pozitivno da ipak postoji neko dodatno građansko oko koje vodi računa o tome što zapravo rade sigurnosno obavještajne agencije.“
O samom slučaju Peratović, Teršelić nema novih saznanja, ali ponavlja da njegovo prošlogodišnje uhićenje, te oduzimanje kompjutora i dokumentacije, spada u drastično kršenje novinarovih prava:
„Na žalost to je neka poruka drugim novinarima koji se bave istraživačkim novinarstvom, ili se žele njime baviti. Vidim to kao strašan problem.“
